故事发生在志城南中学，桂木真己（花江夏树 配音）是刚刚转来这里念书的学生，从小到大和母亲过着相依为命生活的他性格有些内向，但实际上，真己是一个心思非常细腻体贴的男孩。在机缘巧合之中，真己加入了学校

　　故事发生在一座位于孤岛之上的学校里，在这里学习的，都是身怀绝技的超能力者。这些孩子们被告知，在不久后的将来，即将发生灾厄，为了能够应对来袭的“人类之敌”，他们必须在这与世隔绝的孤岛上接受生存训练。

　　2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽

击败四大圣兽“灵龟”的盾之勇者岩谷尚文，击败了灵龟在异世界复活的罪魁祸首京，回到了梅洛马格。他试图准备与即将复活的新四圣兽“凤凰”的战斗，但在灵龟骚乱中失败的三位英雄却失踪了，岩谷尚文的领地也处于实力